The Fairmont var nesten ferdig da jordskjelvet og brannen i 1906 rammet. Granittsalen overlevde, interiøret brant, og hotellet åpnet nøyaktig ett år senere, i april 1907, gjenoppbygget under arkitekt Julia Morgan. Det ble et sosialt senter for den gjenoppbyggede byen.
FN-charteret ble forhandlet delvis på The Fairmont i 1945. Lobbyen er åpen for gjennomgang, med sine marmorsøyler og gulldetaljer. Tiki-baren i kjelleren, Tonga Room, har en fungerende innendørs regnskur over en lagune og har drevet siden 1945.
