Le Fairmont était presque terminé quand le tremblement de terre et l’incendie de 1906 ont frappé. L’enveloppe de granit a survécu, l’intérieur a brûlé, et l’hôtel a ouvert exactement un an plus tard, en avril 1907, reconstruit sous la direction de l’architecte Julia Morgan. Il est devenu un centre social de la ville reconstruite.
La charte des Nations unies a été négociée en partie au Fairmont en 1945. Le hall d’entrée est ouvert à la visite, avec ses colonnes en marbre et ses détails dorés. Le bar tiki au sous-sol, le Tonga Room, dispose d’une pluie intérieure fonctionnelle au-dessus d’une lagune et fonctionne depuis 1945.